Microbiologie Environnement Digestif Santé

UMR 0454 / UCA
- Adresse :
- INRAE Site de Theix
, INRAE - Clermont Auvergne Rhône Alpes
63122 SAINT-GENES-CHAMPANELLE
- Tél :
- 04-73-17-83-08
- Sur Internet :
- www6.ara.inrae.fr/medis/
- Adresse :
- CBRV
TSA 50400
28, Place Henri Dunant
63001 CLERMONT-FERRAND
- Tél :
- 04-73-17-83-08
- Sur Internet :
- www6.ara.inrae.fr/medis/
Responsables
- Directeur de laboratoire
- Mickael DESVAUX
- Directrice Adjointe
- Stephanie BLANQUET-DIOT
Composition équipe ( effectif total : 53 )
- BEYSSAC Erick -
- BLANQUET-DIOT Stephanie -
- ETIENNE MESMIN Lucie -
- GARRAIT Ghislain -
- LAINE Emmanuelle -
- PEYRET Pierre -
- BERNALIER-DONADILLE Annick -
- DESVAUX Mickael -
- FORANO Evelyne -
- HEBRAUD Michel -
- JUBELIN Gregory -
- MOSONI Pascale -
- SAPOUNTZIS Panagiotis -
- TALON Regine -
- DEL HOMME Christophe -
- DENIS Sylvain -
- DUNIERE Lysiane -
- DURAND Frederique -
- FADHLAOUI Khaled -
- LEROY Sabine -
- MARRE Sophie -
- REUTER Audrey -
- CHAFSEY Ingrid -
- CHALANCON Sandrine -
- COUTURIER Ingrid -
- DURIF Claude -
- GUILLOT Laurie -
- RUIZ Philippe -
- ANDANT Carine -
- CACCIA Nelly -
- CISSOIRE Arlette -
- DANIEL Julien -
- DANON Jeanne -
- DE MARTRIN Christophe -
- DELMAS Eve -
- DESCHAMPS Charlotte -
- DHAINAUT Catherine -
- DO COUTO Maria Gloria -
- DURAND Alexandra -
- DUTILLOY Stephanie -
- GARRIVIER Annie -
- LEBBAOUI Yacine -
- MAZAL Carine -
- MILESI Sylvie -
- RICHARD Alexandre -
- ROUSSEAU Valerie -
- ABDI Ameni -
- BRON Auriane -
- CHAKOORY Oshma -
- DESCOTES GENON Pauline -
- FAKIH Ibrahim -
- GUILBAUD Justine -
- O'SULLIVAN Deborah -
Thèmes de Recherche
L’Unité MEDiS (Microbiologie Environnement Digestif et Santé ; https://www6.ara.inrae.fr/medis/), est une Unité Mixte de Recherche entre INRAE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement) et l'UCA (Université Clermont Auvergne) créée en Janvier 2017. L'UMR454 MEDiS est géographiquement localisée sur deux sites, le site de Theix (Centre de Recherche Clermont-Auvergne-Rhône-Alpes, 63122 Saint-Genès Champanelle) et le site Dunant (Faculté de Médecine et de Parapharmacie, 63000 Clermont-Ferrand).
L'Unité MEDiS est organisée en mono-équipe et s'articule autour de quatre axes thématiques de recherche interactifs : (i) Pathogènes Alimentaires Zoonotiques (PAZ), avec l'étude de l'écophysiologie des Escherichia coli pathogènes diarrhéiques (DEC), et plus généralement du colibiome et du microbiome associé, ainsi que de listeria monocytogenes, (ii) Fonctions Métaboliques du Microbiote digestif et Dysbioses (FM2D), en particulier avec l'étude d'intrants positifs ou négatifs comme les polyphénols et les xénobiotiques, dans des situations physiologiques ou pathologiques (syndrome de l'intestin irritable et obésité), (iii) GALéniques INNovantes (GALINN) avec le développement de nouvelles stratégies de vectorisation de probiotiques, de prébiotiques ou de substances actives et (iv) INNOvations et développement de modèles in VITRO (INNOVITRO) avec le développement de systèmes digestifs artificiels ou de systèmes de capture de gènes.
Les recherches de l'Unité portent sur l'étude des interactions des microbiotes alimentaires et digestifs de l'animal et de l'Homme avec leur environnement. L'objectif principal des travaux conduits au sein de l'UMR vise à étudier les inter-relations entre micro-organismes intestinaux et alimentation, facteurs environnementaux et/ou agents pathogènes pouvant conduire à différentes situations physio-pathologiques. Il s'agit également de pouvoir proposer des stratégies innovantes permettant de traiter/prévenir les désordres microbiens impliqués dans les états pathologiques étudiés. Le microbiote est ainsi le point central commun aux différents axes de recherche.
L'Unité dispose d'infrastructures expérimentales performantes avec 4 plateaux techniques ; l'Installation Expérimentale Microbiologie (IEM) INRAE, mettant à disposition une animalerie gnotobiotique, le plateau UCA Partner GALBIOPHARM dédié à l'évaluation biopharmaceutique et galénique de composés actifs, le plateau UCA Partner DIGESTIV de simulation de l'environnement digestif humain et animal, le plateau UCA Partner CAPTURE dédié à la capture de gènes. L'Unité a des liens privilégiés avec des plateformes régionales dans lesquelles des scientifiques du MEDiS ont des responsabilités, la plateforme Auvergne Bioinformatique (AuBi), la plateforme d'exploration du métabolisme (PFEM) et la plateforme IRICE PRIMUM (plateforme de recherche intégrative en nutrition et mobilité).
L'UMR MEDiS représente un effectif d'environ 70 personnes dont une quarantaine de titulaires INRAE ou UCA (Directeur de Recheche, Professeur d'Université, Chargé de Recherche, Maître de Conférence Universitaire, Ingénieur de Recherche, Ingénieur d'Etude, Assistant Ingénieur, Technicien de Recherche, Adjoint Technique Principal). Elle accueille régulièrement des doctorants et post-doctorants ainsi que des stagiaires et CDD, représentant en moyenne une quinzaine de contractuels par an. MEDiS accueille et collabore avec des personnels détachés de la société Lallemand, en particulier son Unité d'Affaires Nutrition Animale, avec qui elle développe depuis plus de 25 ans un partenariat de recherche privilégié concernant l'utilisation d'additifs alimentaires pour les animaux d'élevage en lien avec les thèmes FM2D et PAZ.
Publications ( HAL )
- Métabolisme des fibres et des polyphénols par le microbiote intestinal humain et répercussions santé
Pascale Mosoni - Unraveling flavan-3-ol metabolization genes in the human gut bacterium Eggerthella lenta
Ruben Halifa , Agnes Cornu , Pierre Peyret , Claire DUFOUR , Carine Le Bourvellec , Pascale Mosoni - Design and validation of a dual-fluorescence reporter system to monitor bacterial gene expression in the gut environment
Maria Ines Moreira de Gouveia , Audrey Reuter , Annie Garrivier , Julien Daniel , Annick Bernalier Donadille , Grégory Jubelin - TANDEM : Flux microbiens au sein d’une chaîne alimentaire
Anne-Laure Abraham , Juliette Bloor , Céline Delbès , Annick Bernalier Donadille , Matthieu Bouchon , Pascal Carrère , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Pascal Piveteau , P. Dabert , Evelyne Forano , Jean-Jacques Godon , Mahendra Mariadassou , Bruno Martin , Philippe Ruiz , Isabelle Verdier-Metz , Sébastien Theil , Marie-Caroline Michalski , Guillaume Kon Kam King , Sébastien Mouret , Cécile C. Bord - Microbial transfers across a food chain: from grassland to cheese using metagenetic high-throughput sequencing approaches
Anne-Laure Abraham , Juliette Bloor , Céline Delbès , Annick Bernalier Donadille , Matthieu Bouchon , Pascal Carrère , Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré , Pascal Piveteau , P. Dabert , Evelyne Forano , Jean-Jacques Godon , Mahendra Mariadassou , Philippe Ruiz , Guillaume Kon Kam King , Bruno Martin , Isabelle Verdier-Metz , Sébastien Theil - Consommation et digestion des végétaux - Rôles des microbiotes et fonctions essentielles à la biodiversité
Gerard Fonty , Annick Bernalier Donadille , Evelyne Forano , Pascale Mosoni - A proof of concept infant-microbiota associated rat model for studying the role of gut microbiota and alleviation potential of Cutibacterium avidum in infant colic
Vanesa Natalin Rocha Martin , Christophe Del’homme , Christophe Chassard , Clarissa Schwab , Christian Braegger , Annick Bernalier Donadille , Christophe Lacroix - Cataloging the resident microbes and their metabolic potential in the large intestine of cattle
Serafino Teseo , Saria Otani , Christian Brinch , Sabine Leroy , Philippe Ruiz , Mickaël Desvaux , Evelyne Forano , Frank Møller Aarestrup , Panagiotis Sapountzis - In vitro interactions of plant extracts designed to prevent non-alcoholic hepatic steatosis with human gut microbiota
Auriane Bron , Florian Le Joubioux , Sylvain Denis , Tom van de Wiele , M Vallier , Yolanda F Otero , Stéphanie Blanquet-Diot - In vitro modelling of oral microbial invasion in the human colon
Victoria Meslier , Lucie Etienne-Mesmin , Ophélie Uriot , Elora Fournier , Charlotte Deschamps , Sylvain Denis , A David , S Jegou , Christian Morabito , Benoît Quinquis , François Thirion , Florian Plaza Onate , Emmanuelle Le Chatelier , Stanislav Dusko Ehrlich , Stéphanie Blanquet-Diot , Manuel Almeida
Production scientifique depuis 2019
- Forme galénique à base de pulpe de baobab, procédés de préparation et utilisations - 2021
- Modèle dynamique d'étude in vitro de la perméabilité intestinale d'une molécule d'intérêt couplé en continu à un dispositif de dissolution ou de digestion - 2022