Laboratoire de Génétique, Diversité, Écophysiologie des Céréales
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UMR 1095 / UCA
- Adresse :
- Site Crouël
5, Chemin de Beaulieu
63039 CLERMONT-FERRAND
- Tél :
- + 33 4 43 76 15 34
- Sur Internet :
- www6.clermont.inrae.fr/umr1095/
- Adresse :
- Campus Universitaire des Cézeaux
TSA 60026 - CS 60026
1, Impasse Amélie Murat
63178 AUBIERE
- Tél :
- + 33 4 43 76 15 34
- Sur Internet :
- www6.clermont.inrae.fr/umr1095/
Responsables
- Directeur de laboratoire
- Jerome SALSE
- Directeur Adjoint
- Pierre BARRET
- Directeur Adjoint
- Jacques LE GOUIS
- Directrice Adjointe
- Catherine RAVEL
- Gestionnaire d'unité
- Lucie SAVOCA lucie.savoca@uca.fr
Composition équipe ( effectif total : 85 )
- BONHOMME Ludovic -
- BOUDET Julie -
- MARLIAC Gaelle -
- MOUZEYAR Said -
- PIQUET Agnes -
- ROCHE EYHERAGUIBEL Jane -
- STEVENS Aurelia -
- ALLARD Vincent -
- BLANCON Justin -
- BOUCHET Sophie -
- CHARMET Gilles -
- CIVAN Peter -
- LANGIN Thierry -
- LE GOUIS Jacques -
- LECARPENTIER Christophe -
- SAINTENAC Cyrille -
- SALSE Jerome -
- SANO Naoto -
- SOURDILLE Pierre -
- BARRET Pierre -
- BOUGUENNEC Annaig -
- CHOULET Frederic -
- GIROUSSE Christine -
- MARIN Pierre -
- OURY Francois Xavier -
- PONCET Charles -
- RAVEL Catherine -
- BANCEL Emmanuelle -
- BARGOIN Kevin -
- BERNARD Stephane -
- BRUN Lea -
- CALVAYRAC Catherine -
- COSTON Amelie -
- DEBITON Clement -
- DENEFLE Michael -
- DHANASEKARAN Padmapriya -
- GAUTIER Veronique -
- LASSERRE ZUBER Pauline -
- LELOUP Fabien -
- NADAUD Isabelle -
- PONT POULET Caroline -
- RANOUX Marion -
- RIMBERT Helene -
- TIXIER LEYRE Patricia -
- OZTURK Hasret -
- ALVAREZ David -
- BARDY Lionel -
- BENEDIT Stephane -
- BERNARD Nathalie -
- BLANC Richard -
- BOYER Delphine -
- CAMBON Florence -
- CARRIAS DELOCHE Marion -
- CONFOLENT Carole -
- DUPUITS Celine -
- FAYE Annie -
- GEORGES Ludovic -
- HUNEAU Cecile -
- JAFFRELO Lydia -
- KITT Jonathan -
- LHOMMET Isabelle -
- MAGNAUDET Julien -
- MARCON Dominique -
- MARTIGNAC Valerie -
- MENECIER Clara -
- MERLINO Marielle -
- PARTIER Anne -
- PERROCHON Sibille -
- PHILIPPE Geraldine -
- ROUGEOL Severine -
- SAUVAT Stephane -
- TASSY Caroline -
- ADAMIK Larissa -
- AHCHOUCH Fatima Zahra -
- AYILALATH Shimlal -
- BANOUH Meriem -
- BORJAS Aldo -
- DHANASEKARAN Padmapriya -
- DUPONT Maxime -
- FREY Caroline -
- HAQUET Camille -
- MAGLIARASCHI Ninon -
- RODRIGUES DE ARAUJO ALVES CRUZ Laila -
- SANGATA Rosie -
- UNVERICHT Marie -
Equipes
- Génétique et Recombinaison (GeCO) , Pierre SOURDILLE
- Centre de Ressources Biologiques (CRB) , Francois BALFOURIER
- Cultures des Plantes en Conditions Contrôlées (CPCC) , Stephane BERNARD
- Diversité et Génomes (DiGen) , Etienne PAUX
- La Variance comme source de Stabilité (VISTA) , Vincent ALLARD
- Maladies des céréales (MDC) , Thierry LANGIN
- Paléogénomique et Evolution (PaléoEvo) , Jerome SALSE
- Plateforme de Bioinformatique (BIOINFO) , Frederic CHOULET
- Plateforme de Transgénèse du Blé (ValFon) , Pierre BARRET
- Plateforme de séquençage et genotypage (Gentyane) , Charles PONCET
- Qualité des grains (QualiGrain) , Jacques LE GOUIS
Thèmes de Recherche
L’Unité Mixte de Recherche Génétique Diversité Ecophysiologie des Céréales (UMR 1095 GDEC) associe l’INRAE (Départements scientifiques BAP, AgroEnv, SPE, Centre Clermont Auvergne – Rhône-Alpes) et l’Université Clermont-Auvergne (UFR de Biologie, Collegium « Sciences de la Vie, Santé, Environnement »). Localisée sur le site Inrae de Crouël (Clermont-Fd) et sur le Campus Universitaire des Cézeaux (Aubière), elle compte 80 permanents (68 Inra, 8 UCA, 3 VAS, 1 CNRS) et 30 à 40 non permanents (Doctorants, Post-Doctorants, CDD, visiteurs). Elle est rattachée à l’Ecole Doctorale 65 Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement, et impliquée dans différentes formations, dont le Master de Biologie Végétale Plant Integrative Biology & Breeding (PIBB) et le Master de Microbiologie.
Les projets, développés au sein de 6 équipes de recherche aux thématiques interconnectées, sont focalisés sur le blé tendre, espèce modèle et d’importance agronomique (2ème céréale au niveau mondial). A l’interface entre recherche fondamentale et recherche finalisée, leur objectif commun est l’amélioration de la qualité et du rendement du blé dans un contexte de transition agroécologique et de changements climatiques, avec comme principaux objectifs : (1) Progresser dans la connaissance de la structure, de l’organisation, du fonctionnement et de l’évolution du génome du blé tendre, comprendre la genèse de nouvelles fonctions et/ou l’évolution de fonctions conservées spécifiques au cours de l’histoire évolutive du blé et plus largement des céréales. (2) Décrypter et modéliser les mécanismes moléculaires et physiologiques impliqués dans le contrôle de caractères agronomiques importants tels que rendement, qualité du grain et résistance/tolérance à des stress biotiques (maladies) ou abiotiques (déficience en azote, en soufre, changements climatiques, …). (3) Analyser et valoriser les ressources génétiques, (4) Contribuer au développement de nouveaux outils et méthodes de sélection (Sélection génomique), et intégrer les connaissances acquises dans des modèles pour améliorer l’efficacité de la sélection variétale. Ces projets s’inscrivent dans les objectifs du Challenge 1 « Concevoir et piloter des agroécosystèmes durables dans un contexte de changement global » du projet I-SITE Clermont CAP 20-25.
L’UMR GDEC dispose d’infrastructures expérimentales dotées des équipements les plus récents : Plateforme Stratégique Nationale Gentyane (Séquençage et génotypage haut débit), Plateforme de Validation Fonctionnelle (transgénèse blés, collections de mutants, Genome Editing), Plateforme de production de matériel végétal en conditions contrôlées (enceintes et chambres climatiques, 1300 m2 de serres conventionnelles, 1000 m2 de serres S2), Centre de Ressources Biologiques Céréales à paille (~27000 accessions), Plateforme de Bioinformatique, Service d’Appui (gestion administrative, financière, RH). Les expérimentations en plein champ sont réalisées en collaboration avec l’Unité Expérimentale INRAE PHACC, l’UMR et l’UE assurant la gestion de la Plateforme de Phénotypage haut débit Pheno3C, qui permet l’étude en condition de plein champ des interactions génotype x environnement, et de tester l’impact de paramètres clefs du changement climatique (stress hydrique, [CO2] atmosphérique).
Considérée aujourd’hui comme un leader incontournable en génomique et génétique des céréales au niveau international, l’UMR GDEC a développé un réseau très dense de collaborations avec des partenaires académiques et privés.
Publications ( HAL )
- Using crop growth model stress covariates and AMMI decomposition to better predict genotype-by-environment interactions
Renaud Rincent , Marcos Malosetti , Behnam Ababaei , Gaetan Touzy , Agathe Mini , M. Bogard , Pierre Martre , Jacques Le Gouis , F. van Eeuwijk - Blé en association de légumineuses : intérêts et limites des services rendus au blé
Agnès Piquet-Pissaloux , M. Sartre , Loric Thoulouze , Y. Hallaoui , V. Rouillon , C. Gouttebel - Phenomic Selection: A new and efficient alternative to genomic selection.
Pauline Robert , Charlotte Brault , Renaud Rincent , Vincent Segura - Comparison of genomic-enabled cross selection criteria for the improvement of inbred line breeding populations
Alice Danguy Des Déserts , Nicolas Durand , Bertrand Servin , Ellen Goudemand-Dugué , Jean-Marc Alliot , Daniel Ruiz , Gilles Charmet , Jean-Michel Elsen , Sophie Bouchet - High-Resolution Mapping of Crossover Events in the Hexaploid Wheat Genome Suggests a Universal Recombination Mechanism
Benoit Darrier , Hélène Rimbert , François Balfourier , Lise Pingault , Ambre-Aurore Josselin , Bertrand Servin , Julien Navarro , Frédéric Choulet , Etienne Paux , Pierre Sourdille - Association blé/légumineuses : l’importance des variétés et des espèces
Agnès Piquet , R. Kedjem , V. Rouillon , C. Gouttebel - Extraction d'information pour la sélection du blé par marqueur génétique
Dialekti Valsamou , Robert Bossy , Marion Ranoux , Wiktoria Golik , Pierre Sourdille , Claire Nédellec - Analyse et caractérisation du rôle des protéines SPO11-2 du blé tendre impliquées dans l’initiation de la recombinaison méiotique
Fatiha Benyahya - Genetic erosion in domesticated barley and a hypothesis of a North African centre of diversity
Peter Civáň , Agostino Fricano , Joanne Russell , Caroline Pont , Hakan Özkan , Benjamin Kilian , Terence A Brown - Stomatal penetration: the cornerstone of plant resistance to the fungal pathogen Zymoseptoria tritici
Mélissa Battache , Marta Suarez-Fernandez , Madison Van’t Klooster , Florence Cambon , Andrea Sánchez-Vallet , Marc-Henri Lebrun , Thierry Langin , Cyrille Saintenac